قصة أنمي Yu☆Gi☆Oh!: Duel Monsters GX تدور بعد حوالي 10 سنوات من انتهاء الموسم الأول Yu Gi Oh!: Duel Monsters والذي كانت قد انتهت أحداثه بانتهاء مهمة الفرعون أتيم وعودته إلى زمانه وإن كان هناك خلاف حول هذا حيث ظهر الفرعون أتيم في الحلقة الأولى ولكن المعترف به أن الأحداث تدور بعد رحيل الفرعون بعشر سنوات و في هذا التوقيت أصبح كل من يوغي موتو وسيتو كايبا أسطورتين في المبارزة و صار لهما شهرة كبيرة.
