قصة أنمي No.6 تبدأ عام 2013، الفتى شيون [Shion] طالب ذكي ومجتهد اختير وهو مازال في الثانية من عمره ليكون واحد من النخبة ذو مستقبل واعد يعيش في المدينة رقم 6 في منطقة خاصة. وفي يوم ميلاده 12 ، يتسلل إلى غرفته فتى غريب ذو عيون فضية يبدو بنفس سن شيون، وهو مصاب، وقال بأن اسمه نيزومي [Nezumi] أو الفأر فيقوم شيون بعلاجه، بالرغم من معرفته بأن هذا مخالف للقوانين و للقَسم الذي ألقاه. بالرغم من أن نيزومي غادر منزل شيون حالما استطاع دون أن يمسك به أحد. لكن شيون بفعلته هذه يعتبر مخالفاً وقد خسر مؤهله ومنحته للدخول إلى المعهد الخاص الذي كان من المفترض أن يلتحق به . هذه هي البداية فقط!! والآن اصبح شيون بال 16 من عمره.
